Afyonkarahisardan Osmanlı Məclisi-Məbusanına millət vəkili seçildi. 1915-ci ildə İttihad və Tərəqqi partiyasının Mərkəzi Komitəsinin üzvü oldu. Oktyabr çevrilişindən sonra Qaf­qaz ordularının siyasi müşaviri kimi getdiyi Rusiyadan (mətndə belə getmişdir, əslində Azərbaycandan olmalıdır – V.Q.) döndüyü zaman İstanbulda ingilislər tərəfindən həbs olunub Malta sürgününə göndərildi.
Sürgündən 1921-ci ildə dönən Ağaoğlu Anadoluya ke­çə­­rək Ankara Hökumətinin Ümumi Mətbuat baş müdiri vəzifəsində çalışmağa başladı. İkinci və üçüncü dönəmlərdə Qars millət vəkili kimi Türkiyə Böyük Millət Məclisinə seçildi. 1930-cu ildə Cümhuriyyət Sərbəst Firqəsinin qu­rulmasında iştirak etdi, partiyanın siyasi xətti­nin müəy­yənləşdirilməsində mühüm xidmətlər göstərdi. Partiyanın öz-özünü buraxmasından sonra İstanbula dönüb Darülfünunda hüquq tarixi dərsləri verdi. Bu illərdə hakim Cümhuriyyət Xalq Partiyasına müxalif yazılarına görə nəşr etdiyi “Axın” qəzetini höku­mətin təzyiqləri nəticəsində bağlamalı oldu. Ardınca ölkədə həyata keçi­rilən universitet islahatı nəticəsində ali məktəblərdəki fəaliyyəti də sona çatdı və təqaüdə çıxdı.
Düşüncə və yazılarında Qərb liberalizmini və azadlıqlarını əsas kimi götürərkən islam islahatçılığını, laikliyi1 və demokratik milliy­yətçiliyi də ardıcıllıqla müdafiə edən Əhməd Ağaoğlunun əsas əsər­ləri aşağıdakılardır: “İslam və Axund” (1900), “İslamda qadın” (1905, 1959), “Üç mədəniyyət” (1927, 1972), “Sərbəst İnsanlar Ölkəsində” (1930), “Dövlət və Fərd” (1933).
1 Dövlətin qanunvericilik sistemində hər hansı bir dinin ehkamlarının birbaşa norma şəklində tətbiq olunmasının qadağan edilməsidir.